torsdag 20 september 2012

Dag 2 Kontroll elektrofores, Noha f.

Dag-2- Kontroll elektrofores på PCR och plasmid Prep.
Hur blev resultatet? Om du tycker att resultatet blev bra; vilka kontroller har du som gör att du kan lita på resultatet?
Bilden på Elektrofores agarose gel visar att vi har fått bra resultat. PCR Produk detekterades som ett skarpt band precise som den positiva kontrollen (innhåller känd LL37-gen). Båda band ligger på samma nivå i agarose gel som starka band. PCR negativ kontroll visar inget band på gel electrofores. Det betyder att vårt prov innehåller LL37 gen -som ampliferad med PCR- och bandet som vi har fått är inte på grund av ”Carry over contamination” ex: från mikropippet.
 
Plasmid Prepation visar ett skarp band på agrose gel. Kontamination med RNA- som har mindre storlek än plasmid och uppstår som ”smear” längst ner i gelen- detekterades inte . Kontamination med kromosomal DNA -som har större storlek än plasmid- detekterades inte. Det betyder att vi lyckadas att få bort kromosomal DNA och RNA från plasmid preparation. I stället, har vi fått svagt band precise ovan plamiden. Detta svagt band kan vara ”open circular DNA”.
 
    
      +ve         -ve           M        PCR        Plasmid
 

 
  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Om resultatet blev misslyckat; vad tror du är den troligaste orsaken till att det misslyckades?
Vi lyckades att få bra resultat.
 
Är det något du funderar på som du vill att vi tar upp vid genomgången nästa labdag eller vid labuppföljningen?
Jag tänker om det är möjligt att beräkna och diskutera alla beräkningen med lärare innan vi börjar köra laboration.
 

 

3 kommentarer:

  1. Jag tycker att du har sammanfattat laborationen bra och er gelfores är betydligt mycket snyggare och mer lättavläst än vad min egen blev. Har du funderat något på vad det svaga bandet ovanför det skarpa på den positiva kontrollen kan vara?

    SvaraRadera
  2. Använde ni båda markörerna? Ni har fått ett väldigt fint resultat och från den positiva kontrollen ser man tydligt att ni har LL37 även i er PCR-produkt men i framtiden kanske man ska tänka på att ha markörerna så att man se storleken på ens PCR-produkt! Inte för att ni behövde det i det här fallet :) Bra laborerat!

    SvaraRadera
  3. Bra skrivet! Jag håller med Caroline! När vi labbade så hade vi markören långt ifrån vår PCR produkt så det blev lite svårt att storleksbestämma. Ni har väldigt fina band som lyser starkt =D vilket jag också skulle vilja ha :P. jag funderade lite över det lite suddiga på pcr brunnen ( lite längre upp i brunnen)vet du möjligtvis vad det kan vara?

    Ha det bra =)

    SvaraRadera